防府教会の前身は防府市を中心とし近郷の石鎚大神を崇敬する信徒有志により、昭和８年・山中笹市が代表となり、防府市のちょうど真ん中にある井上山（通称　桑山・鳥越）山上に石鎚山の遙拝所を建立。石鎚神社本社より御神像を奉遷した事より始まる。また、防府駅前通りの戎町２丁目に扶桑教石鎚教会所を開所し、加持祈祷を主とした石鎚信仰の布教教化に尽くしてきた。

　然し戦後、石鎚信仰の特殊性を生かす為、宗教法人石鎚本教が発足し、それに伴い昭和２４年に石鎚本教防府教会として山口県知事より認証を受けた。

初代教会長には山中笹市が就任し布教活動に努めた。昭和３３年初代教会長の死去により２代目教会長の職を山中茂樹が継承し、教会の運営はもとより石鎚神社の本社にても教会聯合会の会長等歴任、頂上社では夏山大祭中の勤務はもちろん、その後の後山奉仕の体制も構築し、現在の頂上奉仕の元となっている。

　昭和５９年防府市の井上山（桑山）開発工事により山上の遙拝所を造成後の現在地へ遷すこととなる。同時に戎町の教会所もこの地へ遷し、昭和６２年石鎚本教防府教会（準１等）として御本社より承認を賜る。また、山口県知事の認証も受け今日に至っている。

　現在は平成２４年２月、２代目教会長　山中茂樹の死去により山中將史が教会長を務めている。